Can't start after update to 2.8

issue_recorded

#1

Hi I just updated to Version 2.8 however I can’t start cryosparc anymore. I am getting:

Starting cryoSPARC System master process…

/home/david.haselbach/bin/cryosparc2/cryosparc2_master/bin/cryosparcm: line 381: supervisorctl: command not found

Also when I try to revert the update I am getting the same error. Any idea what is wrong now or how I can fix this?

Best,

David


Problem installing version 2.8
#2

I got exactly the same problem here right after updating from v2.5 to v2.8. Any suggestion to fix it? Thanks a lot.

Bests,
Xing


#3

Hi @david.haselbach, @xzhang2017,

Sorry for the trouble - we have not seen this in our upgrade tests that we’ve been doing between 2.5 and 2.8.
During the update, can you confirm that there were no error messages printed out in the terminal, especially during the process of upgrading dependencies?

It appears the issue is that somehow supervisorctl is missing from the installed dependencies. It is definitely bundled in the v2.8 release so should have been installed if the installation completed successfully.
Can you double check this by doing:

eval $(cryosparcm env)
which supervisord
which supervisorctl
supervisord --version

This should report version 3.3.3 and both programs should be found inside the cryosparc2_master/deps/anaconda/bin/ directory.

Once you have confirmed that these are missing, please also report what you do find in the /deps folder - is the entire anaconda directory missing?

The simplest way to cause a forced installation of the dependencies is to run:
cryosparcm update --override
This will automatically update to v2.8.0 and force installation of the dependencies from scratch. Although this poses no danger that we know of to any of your data or database, it’s still worthwhile to (after ensuring cryosparc is not running) make a copy of your database (you can see where the database is located in cryosparcm status as $CRYOSPARC_DB_PATH). If cryosparc was able to start, you could also do cryosparcm backup --dir=<directory_to_write_backup>.

Please let us know what you find.


#4

Hi @apunjani,

I am not sure whether there was an error message but it looked fine in the end except for the error message. Sadly I closed the console. Is there a log file for the installation somewhere?
it does unfortunately not find the supervisord and supervisorctl at all.
The anaconda folder is present and it was modified when I tried to update.
Sadly the override command and the backup command both lead to the supervisorctl error message. So I am kinda stuck.

Could I just freshly reinstall cryosparc and link the old database path?

Best,

David


#5

Hi @david.haselbach,

Yes a fresh install will work, and before you cryosparcm start for the first time, just change the config.sh file in the master install directory to point to the original database path.

Ali


#6

I do not see supervisord in cryosparc2_master/deps/anaconda/bin/ directory after the update. I’ve tried reinstalling and force updating and either way doesn’t install supervisord .

Cheers,
BR


#7

Can you try running the following in a stopped cryosparc instance:
cryosparcm forcedeps

That will try to reinstall all dependencies without reinstalling cryosparc. You can do that in any version. Please check and see if there are any error messages in that log. We are testing this right now, but in all cases supervisord and supervisorctl are installed to /deps/anaconda/bin. Can you also verify that in cryosparc2_master/deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages you see supervisor-3.3.3-py27h9aadb0f_0.tar.bz2 ?


#8

Can you also report your OS version?


#9

Hi, I’ve had the same issues. It also comes up with fresh install of cryosparc. I’m running Ubuntu 18.04. There are errors during dependency installs. here’s the log from cryosparcm forcedeps

cryosparcm forcedeps
  Checking dependencies... 
  Forcing dependencies to be reinstalled...
  ------------------------------------------------------------------------
  Installing anaconda python...
  ------------------------------------------------------------------------
PREFIX=/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda
installing: python-2.7.14-h1571d57_29 ...
Python 2.7.14 :: Anaconda, Inc.
installing: ca-certificates-2017.08.26-h1d4fec5_0 ...
installing: conda-env-2.6.0-h36134e3_1 ...
installing: libgcc-ng-7.2.0-h7cc24e2_2 ...
installing: libstdcxx-ng-7.2.0-h7a57d05_2 ...
installing: libffi-3.2.1-hd88cf55_4 ...
installing: ncurses-6.0-h9df7e31_2 ...
installing: openssl-1.0.2n-hb7f436b_0 ...
installing: tk-8.6.7-hc745277_3 ...
installing: yaml-0.1.7-had09818_2 ...
installing: zlib-1.2.11-ha838bed_2 ...
installing: libedit-3.1-heed3624_0 ...
installing: readline-7.0-ha6073c6_4 ...
installing: sqlite-3.20.1-hb898158_2 ...
installing: asn1crypto-0.23.0-py27h7b0c810_0 ...
installing: certifi-2017.11.5-py27h71e7faf_0 ...
installing: chardet-3.0.4-py27hfa10054_1 ...
installing: enum34-1.1.6-py27h99a27e9_1 ...
installing: idna-2.6-py27h5722d68_1 ...
installing: ipaddress-1.0.18-py27h337fd85_0 ...
installing: pycosat-0.6.3-py27ha4109ae_0 ...
installing: pycparser-2.18-py27hefa08c5_1 ...
installing: pysocks-1.6.7-py27he2db6d2_1 ...
installing: ruamel_yaml-0.11.14-py27h672d447_2 ...
installing: six-1.11.0-py27h5f960f1_1 ...
installing: cffi-1.11.2-py27ha7929c6_0 ...
installing: setuptools-36.5.0-py27h68b189e_0 ...
installing: cryptography-2.1.4-py27h6697b16_0 ...
installing: wheel-0.30.0-py27h2bc6bb2_1 ...
installing: pip-9.0.1-py27ha730c48_4 ...
installing: pyopenssl-17.5.0-py27hcee3be0_0 ...
installing: urllib3-1.22-py27ha55213b_0 ...
installing: requests-2.18.4-py27hc5b0589_1 ...
installing: conda-4.3.31-py27_0 ...
installation finished.
  ------------------------------------------------------------------------
    Done.
    anaconda python installation successful.
  ------------------------------------------------------------------------
  Preparing to install all conda packages...
  ------------------------------------------------------------------------
An unexpected error has occurred.
Please consider posting the following information to the
conda GitHub issue tracker at:

    https://github.com/conda/conda/issues



Current conda install:

               platform : linux-64
          conda version : 4.3.31
       conda is private : False
      conda-env version : 4.3.31
    conda-build version : not installed
         python version : 2.7.14.final.0
       requests version : 2.18.4
       root environment : /home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda  (writable)
    default environment : /home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda
       envs directories : /home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/envs
                          /home/behrouzi/.conda/envs
          package cache : /home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/pkgs
                          /home/behrouzi/.conda/pkgs
           channel URLs : https://repo.continuum.io/pkgs/main/linux-64  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/main/noarch  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/free/linux-64  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/free/noarch  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/r/linux-64  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/r/noarch  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/pro/linux-64  (offline)
                          https://repo.continuum.io/pkgs/pro/noarch  (offline)
            config file : /home/behrouzi/.condarc
             netrc file : None
           offline mode : True
             user-agent : conda/4.3.31 requests/2.18.4 CPython/2.7.14 Linux/4.15.0-46-generic debian/buster/sid glibc/2.27    
                UID:GID : 1000:1000

`$ /home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/bin/conda install -y --offline deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/appdirs-1.4.3-py27h28b3542_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/asn1crypto-0.24.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/attrs-19.1.0-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/backports-1.0-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/backports_abc-0.5-py27h7b3c97b_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/backports.shutil_get_terminal_size-1.0.0-py27_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/bcrypt-3.1.4-py27h14c3975_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/blas-1.0-mkl.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/bokeh-1.1.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ca-certificates-2019.1.23-0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cairo-1.14.8-0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/certifi-2019.3.9-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cffi-1.12.2-py27h2e261b9_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/chardet-3.0.4-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/click-7.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cloudpickle-0.8.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/conda-4.4.10-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/conda-env-2.6.0-1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cryptography-2.3.1-py27hc365091_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cycler-0.10.0-py27hc7354d3_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cython-0.25.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/cytoolz-0.9.0.1-py27h14c3975_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/dask-1.1.5-py_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/dask-core-1.1.5-py_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/decorator-4.2.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/distributed-1.26.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/enum34-1.1.6-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/eventlet-0.20.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/fftw-3.3.7-h470a237_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/flask-0.12.2-py27h6d5c1cd_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/fontconfig-2.12.1-3.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/freetype-2.5.5-2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/funcsigs-1.0.2-py27h83f16ab_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/future-0.15.2-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/futures-3.2.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/get_terminal_size-1.0.0-haa9412d_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/greenlet-0.4.15-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/heapdict-1.0.0-py27_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/icu-58.2-h9c2bf20_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/idna-2.8-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/imageio-2.5.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ipaddress-1.0.22-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ipython-5.1.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ipython_genutils-0.2.0-py27h89fb69b_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/itsdangerous-1.1.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/jinja2-2.8.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/jpeg-9b-h024ee3a_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libffi-3.2.1-hd88cf55_4.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libgcc-ng-8.2.0-hdf63c60_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libgfortran-3.0.0-1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libiconv-1.14-0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libpng-1.6.36-hbc83047_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libtiff-4.0.8-h29d08b4_11.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/libxml2-2.9.9-he19cac6_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/llvmlite-0.21.0-py27h6dad3f9_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/locket-0.2.0-py27h73929a2_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/mako-1.0.7-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/markupsafe-1.1.1-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/matplotlib-1.5.1-np111py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/meld3-1.0.2-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/mkl-11.3.3-0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/mongodb-3.4.10-heb2b672_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/msgpack-python-0.6.1-py27hfd86e86_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ncurses-6.1-he6710b0_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/networkx-2.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/numba-0.36.2-np111py27haafad4c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/numexpr-2.6.1-np111py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/numpy-1.11.2-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/olefile-0.46-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/openssl-1.0.2p-h14c3975_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/packaging-19.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pandas-0.21.0-py27he307072_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/partd-0.3.10-py27_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pathlib2-2.3.3-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pbzip2-1.1.13-0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pexpect-4.6.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pickleshare-0.7.5-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pillow-4.2.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pip-9.0.1-py27_5.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pixman-0.34.0-hceecf20_3.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pluggy-0.9.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/prompt_toolkit-1.0.15-py27h1b593e1_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/psutil-5.6.1-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ptyprocess-0.6.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/py-1.8.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pycairo-1.13.3-py27hea6d626_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pycosat-0.6.3-py27h14c3975_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pycparser-2.19-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pycrypto-2.6.1-py27h14c3975_9.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pyfftw-0.10.4-py27h3010b51_1004.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pygments-2.3.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pymongo-3.4.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pyopenssl-19.0.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pyparsing-2.3.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pyqt-4.11.4-py27_4.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pysocks-1.6.8-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pytest-3.3.2-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/python-2.7.15-h77bded6_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/python-dateutil-2.8.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pytools-2017.6-py_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pytz-2018.9-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pywavelets-0.5.2-py27hecda097_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/pyyaml-5.1-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/qt-4.8.7-3.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/readline-7.0-h7b6447c_5.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/requests-2.21.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/ruamel_yaml-0.15.46-py27h14c3975_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/scandir-1.10.0-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/scikit-image-0.13.1-py27h14c3975_1.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/scipy-0.18.1-np111py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/setuptools-40.8.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/simplegeneric-0.8.1-py27_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/singledispatch-3.4.0.3-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/sip-4.18-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/six-1.12.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/sortedcontainers-2.1.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/sqlite-3.27.2-h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/supervisor-3.3.3-py27h9aadb0f_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/tblib-1.3.2-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/tk-8.6.8-hbc83047_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/toolz-0.9.0-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/tornado-5.1.1-py27h7b6447c_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/traitlets-4.3.2-py27hd6ce930_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/urllib3-1.24.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/wcwidth-0.1.7-py27h9e3e1ab_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/werkzeug-0.14.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/wheel-0.33.1-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/xz-5.2.4-h14c3975_4.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/yaml-0.1.7-had09818_2.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/zict-0.1.4-py27_0.tar.bz2 deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages/zlib-1.2.11-h7b6447c_3.tar.bz2`




    Traceback (most recent call last):
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/exceptions.py", line 640, in conda_exception_handler
        return_value = func(*args, **kwargs)
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main.py", line 140, in _main
        exit_code = args.func(args, p)
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/main_install.py", line 80, in execute
        install(args, parser, 'install')
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/cli/install.py", line 210, in install
        explicit(args_packages, prefix, verbose=not context.quiet)
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/misc.py", line 99, in explicit
        link_names = {index[d]['name'] for d in link_dists}
      File "/home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/conda/misc.py", line 99, in <setcomp>
        link_names = {index[d]['name'] for d in link_dists}
    KeyError: Dist(_Dist__initd=True, channel=u'<unknown>', dist_name=u'blas-1.0-mkl', name=u'blas', version=u'1.0', build_string=u'mkl', build_number=0, with_features_depends=None, base_url=u'file:///home/behrouzi/cryosparc2/cryosparc2_master/deps_bundle/python/python_packages/anaconda_packages', platform=None)

  ------------------------------------------------------------------------
    Done.
    conda packages installation successful.
  ------------------------------------------------------------------------
  Preparing to install all pip packages...
  ------------------------------------------------------------------------
Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz
Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz
Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/libtiff-0.4.2.tar.gz
    Complete output from command python setup.py egg_info:
    Traceback (most recent call last):
      File "<string>", line 1, in <module>
      File "/tmp/pip-1p58H7-build/setup.py", line 77, in <module>
        from numpy.distutils.core import setup, Extension
    ImportError: No module named numpy.distutils.core
    
    ----------------------------------------
Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-1p58H7-build/
You are using pip version 9.0.1, however version 19.1.1 is available.
You should consider upgrading via the 'pip install --upgrade pip' command.
  ------------------------------------------------------------------------
    Done.
    pip packages installation successful.
  ------------------------------------------------------------------------
  Main dependency installation completed. Continuing...
  ------------------------------------------------------------------------
  Completed.
  Currently checking hash for mongodb
  Forcing reinstall for dependency mongodb...
  ------------------------------------------------------------------------
  mongodb 3.4.10 installation successful.
  ------------------------------------------------------------------------
  Completed.
  Completed dependency check.

#10

I am getting exactly the same output on CentOs7


#11

Can you try the following:

in deps_bundle/python you will see a file called anaconda.sh
remove this file. Then, download the following file:
https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-4.6.14-Linux-x86_64.sh
and rename it as anaconda.sh in the same folder.

Then, run cryosparcm forcedeps

(It seems the error is related to https://github.com/conda/conda/issues/6621 , though we have been using the same version of conda 4.3.31 for a while)


#12

We had to a similar issue. For us we stopped cryosparc, rebooted the system and then updated. All fine now.


#13

We are using centos7. The problem is now fixed as instructed, by using “Miniconda2-4.6.14-Linux-x86_64.sh” and running “cryosparcm forcedeps”. Thanks a lot.

Bests,
Xing


#14

Thanks for confirming @xzhang2017. We will update the v2.8 bundle.


#15

I just noticed that the master was updated to v2.8.0 but the worker are still v2.5.0, so we still cannot run jobs. Any suggestion to fix it? Thanks.

We are using Centos7.

Bests,
Xing


#16

Hi @xzhang2017,

You can run the same commands on each worker node.

In cryosparc2_worker/deps_bundle/python you will see a file called anaconda.sh. Remove this file. Then, download the following file: https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda2-4.6.14-Linux-x86_64.sh and rename it as anaconda.sh in the same folder.

Then, from the cryosparc2_worker directory, run:
bin/cryosparcw forcedeps


#17

Hi @apunjani, @sarulthasan
sadly even after the exchange of the anaconda.sh it doesn’t work for me I am getting a slightly different error and the pip version is not the problem anymore but still it doesnt work. I am also on CentOs 7

cryosparcm forcedeps

Checking dependencies... 

Forcing dependencies to be reinstalled...

------------------------------------------------------------------------

Installing anaconda python...

------------------------------------------------------------------------

PREFIX=/home/david.haselbach/bin/cryosparc2/cryosparc2_master/deps/anaconda

installing: python-2.7.16-h9bab390_0 ...

Python 2.7.16 :: Anaconda, Inc.

installing: ca-certificates-2019.1.23-0 ...

installing: libgcc-ng-8.2.0-hdf63c60_1 ...

installing: libstdcxx-ng-8.2.0-hdf63c60_1 ...

installing: libffi-3.2.1-hd88cf55_4 ...

installing: ncurses-6.1-he6710b0_1 ...

installing: openssl-1.1.1b-h7b6447c_1 ...

installing: yaml-0.1.7-had09818_2 ...

installing: zlib-1.2.11-h7b6447c_3 ...

installing: libedit-3.1.20181209-hc058e9b_0 ...

installing: readline-7.0-h7b6447c_5 ...

installing: tk-8.6.8-hbc83047_0 ...

installing: sqlite-3.27.2-h7b6447c_0 ...

installing: asn1crypto-0.24.0-py27_0 ...

installing: certifi-2019.3.9-py27_0 ...

installing: chardet-3.0.4-py27_1 ...

installing: enum34-1.1.6-py27_1 ...

installing: futures-3.2.0-py27_0 ...

installing: idna-2.8-py27_0 ...

installing: ipaddress-1.0.22-py27_0 ...

installing: pycosat-0.6.3-py27h14c3975_0 ...

installing: pycparser-2.19-py27_0 ...

installing: pysocks-1.6.8-py27_0 ...

installing: ruamel_yaml-0.15.46-py27h14c3975_0 ...

installing: six-1.12.0-py27_0 ...

installing: cffi-1.12.2-py27h2e261b9_1 ...

installing: setuptools-41.0.0-py27_0 ...

installing: cryptography-2.6.1-py27h1ba5d50_0 ...

installing: wheel-0.33.1-py27_0 ...

installing: pip-19.0.3-py27_0 ...

installing: pyopenssl-19.0.0-py27_0 ...

installing: urllib3-1.24.1-py27_0 ...

installing: requests-2.21.0-py27_0 ...

installing: conda-4.6.14-py27_0 ...

installation finished.

------------------------------------------------------------------------

Done.

anaconda python installation successful.

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Preparing to install all conda packages...

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Downloading and Extracting Packages

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##################################################################################################################### | 100% 

Preparing transaction: done

Verifying transaction: done

Executing transaction: done

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Done.

conda packages installation successful.

------------------------------------------------------------------------

Preparing to install all pip packages...

------------------------------------------------------------------------

DEPRECATION: Python 2.7 will reach the end of its life on January 1st, 2020. Please upgrade your Python as Python 2.7 won't be maintained after that date. A future version of pip will drop support for Python 2.7.

Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/Flask-JSONRPC-0.3.1.tar.gz

Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/Flask-PyMongo-0.5.1.tar.gz

Processing ./deps_bundle/python/python_packages/pip_packages/libtiff-0.4.2.tar.gz

Complete output from command python setup.py egg_info:

Traceback (most recent call last):

File "&lt;string&gt;", line 1, in &lt;module&gt;

File "/tmp/pip-req-build-FwQ1gh/setup.py", line 77, in &lt;module&gt;

from numpy.distutils.core import setup, Extension

ImportError: No module named numpy.distutils.core

----------------------------------------

Command "python setup.py egg_info" failed with error code 1 in /tmp/pip-req-build-FwQ1gh/

------------------------------------------------------------------------

Done.

pip packages installation successful.

------------------------------------------------------------------------

Main dependency installation completed. Continuing...

------------------------------------------------------------------------

Completed.

Currently checking hash for mongodb

Forcing reinstall for dependency mongodb...

------------------------------------------------------------------------

mongodb 3.4.10 installation successful.

------------------------------------------------------------------------

Completed.

Completed dependency check.

#18

Mine (on Centos7) is fully working now by following @sarulthasan 's instructions. Thanks a lot.

Bests,
Xing


#19

Thanks. This solved the issue.


#20

@david.haselbach did you resolve your issue? I am using CentOS 7.5 and have the same error as you when as follows when going through @sarulthasan post regarding the anaconda.sh and forcedeps hack.

ImportError: No module named numpy.distutils.core

This is now a clean install of cryosparc. During installation the above error is not reported but the installation stops when trying to start cryosparcm.

Starting cryoSPARC...

Starting cryoSPARC System master process..
Traceback (most recent call last):
  File "/usr/bin/supervisorctl", line 5, in <module>
    from pkg_resources import load_entry_point
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3241, in <module>
    @_call_aside
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3225, in _call_aside
    f(*args, **kwargs)
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 3254, in _initialize_mas
ter_working_set
    working_set = WorkingSet._build_master()
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 583, in _build_master
    ws.require(__requires__)
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 900, in require
    needed = self.resolve(parse_requirements(requirements))
  File "/home/cryosparc2/software/cryosparc/cryosparc2_master/deps/anaconda/lib/python2.7/site-packages/pkg_resources/__init__.py", line 786, in resolve
    raise DistributionNotFound(req, requirers)
pkg_resources.DistributionNotFound: The 'supervisor==3.3.5' distribution was not found and is required by the application